制作網站目錄的一個總的原則，是希望通過最少層級的設計來展現最清晰的、簡便的內容框架。所以網站目錄應該遵循以下這幾條原則：

1、 分類原則

文件的存檔應該有所依據，例如可以根據其類別、功能以及優先級來分類存檔。所以如果一股腦地將所有的文件全部放在一個目錄下是不可取的。制作網站的根目錄的原則是，只存檔主頁的文件以及一些統計類的文件，其它的文件都不得放入這個根目錄。其它例如圖片、數據庫文件等都要相應建立自己的分類目錄，而給目錄起一個簡明扼要的名字就可以了。

2、 依據主頁的欄目分類來設置目錄結構

制作網站的目錄要盡量根據網站的欄目分類來建立相應的子目錄，然后再把文件放入對應的目錄里。

3、 目錄的層級越少越好

建議只建立3層以下的層級目錄，這樣才能保證目錄的清晰與規整，也方便日后的維護工作。

4、 數據庫文件的處理

數據庫的文件因為比較特殊，所以建議單獨放置，然后通過一些權限才能進入和訪問。

5、 目錄的權限配置

有時候，制作網站的靜態內容居多時，就可以給它的目錄內容設為只讀？而交互性強的目錄則要根據其功能配置相應的權限。

6、 圖片的存放

因為很多網站的規模都很龐大，所以在制作網站的初期就要根據其欄目的子欄目的應用情況來建立目錄，然后再其目錄下再建設專門放置圖片的目錄。